Im Gebiet der Weltenburger Enge fließt die Donau auf einer auch als „Donaudurchbruch“ bezeichneten Strecke von rund fünf Kilometern auf imposante Weise zwischen bis zu 70 Meter aufragenden Kalkfelswänden hindurch, welche Reste jurazeitlicher Korallenriffe sind. Die Weltenburger Enge wurde zu recht vom Bayerischen Umweltministerium mit dem Gütesiegel „Bayerns schönste Geotope“ ausgezeichnet. Gleichzeitig befindet sich im Natura 2000-Gebiet auch das gleichnamige Naturschutzgebiet welches bereits 1840 von König Ludwig I. ausgewiesen wurde. Die Weltenburger Enge ist das einzige Naturschutzgebiet in Bayern, dem aufgrund seiner besonderen Bedeutung das Europadiplom verliehen wurde.
Entlang der Donau, die hier noch frei fließen kann, ziehen sich natürliche Auenwälder in denen der Biber heimisch ist. Daran schließen sich orchideenreiche Buchenwälder an, in denen man beispielsweise den Gelben Frauenschuh finden kann. Auf den Felsköpfen der Enge wiederum finden sich regelrechte Pflanzenraritäten, die man sonst aus dem Mittelmeerraum oder den Steppen Osteuropas kennt. Die Felsnischen und -vorsprünge werden von Uhu und Wanderfalkeals Brutplätze genutzt.
Die Region ist außerdem von herausragender kulturhistorischer Bedeutung, wo auf kleinem Raum Steinzeithöhlen, bronzezeitliche Befestigungen, vorgeschichtliche Grabhügel, eine keltische Stadt und spätrömische Funde das gesamte Spektrum der menschlichen Siedlungsgeschichte illustrieren. Ein besonders imposantes Bild bieten zusammen mit der faszinierenden Felslandschaft die berühmte Benediktinerabtei Weltenburg und die Befreiungshalle über Kelheim, sowie die Felsenkirche in der Einsiedelei Klösterl.
Neben der imposanten Landschaft lassen sich viele Menschen von der Vielfalt an Farben und Formen der Kiesel an den Ufern der Donau begeistern, insbesondere von den sogenannten Radiolariten, rötliche Kiesel mit weißen Streifen, die aus den Alpen stammen.
Mit etwas Glück können Besucher Tiere wie beispielsweise Feuersalamander, Eisvogel, Uhu oder Wanderfalke beobachten. Aufgrund von Schutzbemühungen brütet der Wanderfalke seit 1990 wieder in dem Gebiet.
In den vielen kleinen, nicht touristisch erschlossenen Höhlen leben elf verschiedene Fledermausarten, darunter die seltene Bechsteinfledermaus, das Große Mausohr und die Mopsfledermaus.
In den teils recht steilen Hangwäldern sind neben den im Herbst wunderschön anzusehenden Eichen und Buchen die zahlreichen Eiben eine sehenswerte Besonderheit. Der Diptam ist eine weitere floristische Sehenswürdigkeit und Schönheit des Gebiets, zu finden auf den steilen Felsköpfen.
Im Gebiet Weltenburger Enge gibt es elf unterschiedlich lange Wanderwege zwischen 3 und 12 km, von denen man immer neue Ausblicke auf das Gebiet hat.