Das Naturschutzgebiet „Vogelfreistätte Flachwasser- und Inselzone im Altmühlsee“ ist Teil des Vogelschutzgebietes (SPA) „Altmühltal mit Brunst-Schwaigau und Altmühlsee“. Das Vogelschutzgebiet setzt sich aus fünf Teilflächen zusammen, die sich von Colmberg im Nordwesten (Frankenhöhe) bis ins Mittlere Altmühltal bei Trommetsheim (Markt Berolzheim) erstrecken und insgesamt etwa 4971 ha umfassen. Das SPA umfasst die mit Abstand bedeutendsten Brutbestände von europaweit rückläufigen Wiesenlimikolen in Süddeutschland und stellt eines der wichtigsten binnenländischen Brutgebiete für diese Vogelgruppe in ganz Deutschland und Mitteleuropa dar.
Im Rahmen des vom Bayerischen Landtag im Jahr 1970 beschlossenen Projekts „Überleitung von Altmühl- und Donauwasser in das Regnitz-Main-Gebiet“ wurden mit dem Bau des Altmühlsees erhebliche Veränderungen im Altmühltal vorgenommen. Als Ausgleich für diese Eingriffe wurde eine ca. 120 ha große Flachwasser- und Inselzone gestaltet, die durch einen Ringdamm vom eigentlichen See abgetrennt ist. Sehr schnell, noch in der „Rohbodenphase“, siedelten sich eine Vielzahl von Vogelarten an. Mittlerweile hat sich die „Vogelinsel“ mit Ihren Tief- und Flachwasserzonen, Röhrichten, Weichholzbeständen, und Wiesen zu einem bedeutenden Rast- und Brutgebiet entwickelt, das nahezu dem gesamten Artenspektrum der heimischen Vogelwelt zumindest zeitweise Lebensraum bietet. Um der Allgemeinheit einen Einblick in das Naturschutzgebiet zu ermöglichen, wurde auf weniger als einem Prozent der Fläche, ein Lehrpfad eingerichtet. Mit dem Beobachtungsturm besteht ganzjährig die Möglichkeit, die Vogelansammlungen störungsfrei zu beobachten.