Das FFH-Gebiet „Leipheimer Moos“ ist geprägt von einer zentralen, weitgehend ebenen Moorfläche mit extensiv bewirtschafteten Schaf- und Rinderweiden, vernässten Torfstichen mit Klein- und Großseggenrieden, über Pflegemahd offengehaltene Streuwiesen, Feuchtwiesen sowie Gebüschsukzession und kleinen Feucht-/Bruchwaldbereichen. Das FFH-Gebiet „Naturschutzgebiet Gundelfinger Moos“ umfasst eine strukturreiche Niedermoorlandschaft mit einem Mosaik aus Seggenrieden, Streuwiesen, extensiv bewirtschafteten Feuchtwiesen und mageren Mähwiesen, Hochstaudenfluren, Röhricht und Feuchtgebüschen im Kernbereich sowie landwirtschaftlich genutzten Flächen im Randbereich. Beide Gebiete sind Teil des rund 2.600 ha großen EU-Vogelschutzgebietes „Schwäbisches Donaumoos“, welches sich nördlich der Donau im Donauried von Leipheim bis Gundelfingen erstreckt. Das Vogelschutzgebiet hat Kontakt mit dem FFH-Gebiet „Donauauen zwischen Thalfingen und Höchstädt“ beziehungsweise dem EU-Vogelschutzgebiet „Donauauen“. Es hat als eines der größten erhaltenen Niedermoorkomplexe im Donauried eine wichtige Trittsteinfunktion und große Bedeutung als Brut-, Rast- und Nahrungsbiotop für Vogelarten der Offenlandschaft, insbesondere für Wiesenbrüter, für Wasservögel sowie in Teilbereichen auch für Waldarten.
Das Donauried zwischen Neu-Ulm und Donauwörth zählt zu den wertvollsten Großlandschaften in Bayern mit einer geringen Zerschneidung durch Siedlungen und Straßen und hat höchste naturschutzfachliche Wertigkeit.
Das FFH-Gebiet „Leipheimer Moos“ ist das erste wiedervernässte Niedermoorgebiet in Bayern. Das Gebiet erhält in wasserknappen Zeiten eine zusätzliche Wasserzufuhr über eine Rohrleitung, die Wasser aus dem Fluss Nau ins FFH-Gebiet transportiert, wo es an verschiedenen Stellen gezielt in Torfstiche eingeleitet wird. Die Torfstiche und Streuwiesen bilden Rückzugsgebiete für Pflanzengesellschaften der Niedermoore mit Vorkommen von Mehlprimel, Trollblume, Fieberklee und Wasserschlauch.
Die offene Riedlandschaft des FFH-Gebietes „Gundelfinger Moos“ ist zusammen mit den rekultivierten, abgeflachten, beruhigten Ufern der im Süden angrenzenden Kiesseen von herausragender Bedeutung für die Vogelwelt. Das Mosaik aus vielen verschiedenen Lebensräumen schafft eine hohe Lebensraum- und Artenvielfalt. Streuwiesen und Seggenriede mit Vorkommen von Lungenenzian, Spatelblättrigem Greiskraut, Wollgras, Fleischfarbenem Knabenkraut wechseln mit blütenreichen Staudenfluren mit Mädesüß, Gelber Wiesenraute und Blutweiderich. Teilbereiche werden durch Pflegemahd und Entbuschung offengehalten, Teilbereiche durch eine großflächige extensive Beweidung mit Exmoor-Ponys sowie Hochlandrindern.
Das Vogelschutzgebiet „Schwäbisches Donaumoos“ ist mit Vorkommen des Kiebitz und der Bekassine ein herausragendes Wiesenbrütergebiet in Schwaben. Es ist außerdem ein wichtiger Lebensraum für weitere Vogelarten wie Blaukehlchen oder Wachtelkönig und Rastgebiet für Kranich und Rotschenkel. Wintergäste sind unter anderem Singschwan, Kornweihe und Silberreiher.
Hinweise zur Erreichbarkeit (Auto, Fahrrad, ÖPNV), Wanderwegen: Nächstgelegene Bahnhöfe: Leipheim, Günzburg, Niederstotzingen, Gundelfingen. Gut ausgebautes Fahrradnetz, in der Nähe des Donauradwanderweges. Teilgebiete der FFH-Gebiete und das Vogelschutzgebiet sind durch zumeist geschotterte Wege für Fußgänger, zum Teil auch für Radfahrer zugänglich. Im Kerngebiet der FFH-Gebiete sind aus Vogelschutzgründen einzelne Wege ganzjährig beziehungswiese während der Vogelbrutzeit gesperrt.